学院从1985年开始联合招生、独立培养精细化工硕士研究生，1996和2003年应用化学和化学工艺学科先后获硕士学位授予权，2006年获化学工程与技术一级学科硕士学位授予权，2011年获批省重点学科。目前，化学工程与技术、化学和环境科学与工程3个一级学科（共包括14个二级学科）具有硕士学位授予权；其中化学工程与技术学科为黑龙江省高水平大学建设特色优势学科和黑龙江省重点学科；具有化学工程领域专业硕士、学科教学（化学）专业学位授予权；现与中科院和日本新潟大学等国内外科研院所联合培养硕士、博士研究生。目前共有导师74人，其中博士学位人数占比96%，具有海外留学经历的18人。省优秀硕士研究生导师3人。